Fundado em 28 de junho de 1965, o Museu Botânico Municipal (MBM) é administrado pelo Departamento de Produção Vegetal da Secretaria Municipal do Meio Ambiente. Localizado desde 1992 no Jardim Botânico, teve sua origem a partir da coleção particular de 18 mil exsicatas (plantas secas, tratadas e fixadas em cartolina, identificadas e preservadas) doada ao Município pelo botânico curitibano Dr. Honoris Causa Gerdt Guenther Hatschbach.
Tem por objetivo ser fonte de pesquisa científica e de divulgação da flora brasileira, e para tanto, possui um Centro de Informação Botânica e um Herbário com aproximadamente 400 mil exsicatas do Brasil e exterior.
Os pesquisadores do Museu Botânico Municipal ministram cursos e palestras para grupos específicos sobre assuntos relacionados à Botânica, conforme programação.
O Decreto Municipal 170/2015 regulamenta o uso de suas dependências.
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